Djibouti nằm ở khu vực Đông Phi, ở vào vị trí chiến lược bên vịnh Aden và eo biển Bad-el-Mandeb, gần lối vào biển Hồng Hải (Biển Đỏ) và có chung biên giới với Ethiopia, Eritrea, Somalia. Lãnh thổ Djibouti phần lớn là sa mạc, địa hình gồm núi và cao nguyên, ven biển là những đồng bằng hẹp.Toàn bộ lãnh thổ có 8 ngọn núi cao hơn 1000m trong đó điểm cao nhất là ngọn núi lửa Mousa Ali cao 2021 m và thấp nhất nằm ỏ sa mạc Grand Bara thấp hơn mực nước biển 520m

Tài nguyên thiên nhiên ở Djibouti chỉ có các vùng địa nhiệt, ngoài ra không hề có nguồn tài nguyên nào khác.

Do chịu ảnh hưởng của sa mạc Sahara nên Djibouti có khí hậu sa mạc, khô và nóng, nhiệt độ trung bình 27-32 độ, lượng mưa trung bình năm chỉ khoảng 100–150 mm.